このゲームに発生するバグを紹介する。このゲームは割と致命的なバグも存在するので注意して欲しい。
サスケ状態2同キャラでお互いに2Xを出す。するとデカい火の玉がぶつかりあって処理落ちする
このバグは本体にダメージがあるらしいので、発生しないように注意しよう
覚醒ヒナタを使って相手の分身による攻撃（イタチのJA等）を2Xで取ると、回天が発生し（ゲージは消費しない）、以後ヒナタが一切操作をしなければずっと無敵状態になる
綱手を利用し、6AorJAがカスヒット(ダウン当て)すると、以後綱手が一切操作をしなければずっと無敵状態になる
ネジ、覚醒ヒナタを利用し、投げ＞5Xとする。この時、始動の二発ヒットのうち一段目だけをカスヒットさせ、二段目をスカらせると、以後操作しなければずっと無敵状態になる
相手の起き上がりに重ねる場合にも同じ状況を起こすことが出来る
綱手の6A、カカシの2A 、カブトの2A、チョウジの5Aを特定のタイミング（持続終わり際）で当てるとYキャンをかけることができる
これらの技をYキャンするとその連弾中相手は変わり身&ダウン回避が不可能になる
キャラ限(再不斬、自来也、鬼鮫)
上記のバグの仕様に由来する。
自来也の2Aヒット後相手が黄泉沼に沈む前に攻撃(5B、8B)を当てるとその連弾中は変わり身不可能になる
鬼鮫の2Xが発動し、水鮫弾が出現している間にカカシorカブトの2Aを当てると水(泡?)の輪っかが残る
上記のバグと同じく九尾の波動が出ている間に究極九尾ナルトがカカシorカブトの2Aを食らうと九尾の波動が画面に残る。
これらのバグは何個も画面内にエフェクトを残す事が出来るが、あまりやりすぎるとGCのCPUに負担がかかるので注意。
